All’interno della CISL sono previste Federazioni nazionali di categoria le quali si possono articolare, sulla base dei rispettivi statuti, in sindacati di seconda affiliazione, relativi a determinati settori o comparti merceologici. Nel corso degli anni alle tradizionali categorie, si sono aggiunte altre aggregazioni dedicate ai nuovi lavori, quadri ed altre specificità. Sussiste inoltre un processo di accorpamento tra le categorie per affrontare in modo più coordinato le diverse problematiche.